与先前的口袋妖怪系列游戏相同，游戏围绕一位年轻神奇宝贝训练家的旅途展开。游戏设定在卡洛斯地区，以挫败敌对组织闪焰队的阴谋并挑战神奇宝贝联盟为目标。