该作原本计划是讲述雷电在《潜龙谍影2》和《潜龙谍影4》之间的一段时间内发生的事情，但是白金工作室参与进来之后，为了有更广阔的开发空间，将该作的故事时间移动到《潜龙谍影4》结束的几年之后：强化骨骼在世界上飞速发展，产生大量生化电子人，影响了整个世界。