iPhone5s一项引人注目的新特性是内置的指纹扫描仪，根据苹果透露的信息，指纹扫描仪使用低频RF信号读取真皮的指纹，真皮是表皮下面的活细胞，而表皮则是表面的一层死皮，表皮脱落之后手指会在真皮基础上长出一模一样的新指纹，读取真皮指纹使得扫描器不容易被假手指所愚弄。

苹果声称，用户的指纹信息以哈希数据的形式储存在A7处理器的一个安全区域，这个安全区域只有写入和验证功能，没有读取功能，没有API能访问指纹哈希。

德国隐私官员Johannes Caspar则认为，苹果的说法有误导性，称普通iPhone5s用户没有能力检查指纹进入手机后的活动，他认为交出生物识别数据需要谨慎。